1940年H.A.克雷伯斯提出三羧循環學說以來（lái），檸檬酸的發酵機（jī）理逐漸被人們所認（rèn）識。已經證（zhèng）明，糖質原料生成檸檬酸的（de）生化過程（chéng）中，由（yóu）糖變成丙（bǐng）酮酸的過（guò）程與酒精發（fā）酵相（xiàng）同，亦即通過E-M途徑（jìng）（二磷酸（suān）己糖途徑（jìng））進（jìn）行（háng）酵解。然後丙酮酸進一步氧化脫羧生成乙酰輔酶A，乙酰輔酶A和丙酮酸羧化所生成的草酰乙酸縮合（hé）成（chéng）為檸檬酸並進入三羧循環途徑。

檸檬酸是代謝過（guò）程中的中（zhōng）間產物。在（zài）發酵過（guò）程中，當微生物體內的烏頭酸水合酶和異檸檬酸脫氫酶活性很低、而檸檬酸合成酶（méi）活性很高時，才（cái）有利於檸檬酸的大量積累。  

發（fā）酵工（gōng）藝（yì）分表麵發酵和固體發酵，按不同工藝製備不同原料的培養基，然後進行蒸料。蒸料的目的是將澱（diàn）粉糊化，並進行滅菌。蒸料時（shí）要使物料受熱均勻，蒸（zhēng）汽通暢，邊蒸邊加料，把料加在（zài）冒汽的地方，逐層加入。蒸好的物料要揚散攤涼，當溫度降至37℃以下，即可補水接種，裝盤發酵（jiào），發酵終點以酸度來決定，定期測定酸度，保證在酸度最（zuì）高時出料，以免檸檬酸被細（xì）菌分解。

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